V oblasti dopravy a transportu si mnoho jej účastníkov zamieňa GIS za GPS (Global Positioning System). GPS je satelitný navigačný systém používaný na zistenie a zaznamenanie presnej geografickej polohy.
V stavebníctve a strojárstve je zaužívaný termín CAD (Computer Aided Drawing/Design), ktorý sa dosť často zamieňa za pojem GIS. Informačný systém CAD a GIS boli do používania zavedené samostatne. CAD je určený na zobrazovanie budov, automobilov, súčiastok atď. Okrem grafických operácií umožňuje realizovať aj rôzne matematicko-inžinierske výpočty a analýzy. V CAD sa pracuje s údajmi veľkých mierok (detailná geometria súčiastky, plán budovy atď.). GIS sa zameriavajú na prácu s menšími mierkami (kataster, biotop, ekosystém, krajina, kontinent atď.). V CAD je ťažké vytvárať databázy, pričom v GIS sú databázové systémy ich súčasťou.
Taktiež medzi GIS nie je možné zaradiť databázové systémy, ktoré vo svojich záznamoch nemajú informácie o geografickej polohe. Databázový záznam typu „meno, priezvisko, dátum narodenia“ neobsahuje informáciu o tom, kde sa daný občan v priestore nachádza.